中国科学院分子识别与功能重点实验室发展最早可以追溯到中国科学院化学研究所1956年建所之初。上世纪60-70年代，由于人员和学科的调整，实验室作为实体不复存在，但有机化学研究的传统得以保存。1983年化学所重建了有机合成研究室, 有机化学的研究得到了平稳发展。1999年在原有有机合成研究室的基础上成立了分子识别与选择性合成实验室。2006年化学所成立化学生物学研究中心，实验室成为中心的主要组成单元之一，在此基础上于2008年筹建成立了分子识别与功能实验室，在中国科学院组织的重点实验室评估中取得了优异成绩。2008年12月正式批准为中国科学院分子识别与功能重点实验室。
老一代科学家如中国科学院院士王葆仁先生、蒋明谦先生、黄志镗先生，以及赵玉芬先生(1979-1988年在化学所工作)和化学所名誉研究员陈德恒教授等知名化学家都为化学所有机化学学科的发展做出了重要贡献。在他们的倡导下，化学所有机(合成)学科逐渐形成以“分子识别与选择性合成”为核心的研究方向。特别是黄志镗先生在上世纪80年代开创的“杂环化合物合成研究”和在国内率先开展的“杯芳烃超分子化学研究”为中国科学院分子识别与功能重点实验室学科方向的形成奠定了坚实基础。自上世纪末以来，通过引进和培养，一批优秀的青年学术带头人迅速成长，顺利完成了新老交接，并拓展了学科方向，为实验室迈向国际一流奠定了基础。
实验室目前有一支以中青年为主的优秀研究队伍，截止2016年底有科研人员29名，其中研究员11名，包括中组部拔尖人才1名，中组部“青年***计划”1名，国家中青年科技创新领军人才1名，国家***基金获得者4名，国家自然科学基金委优秀青年基金获得者2名，中国科学院“***计划”入选者5名，中国科学院化学研究所“引进国外***人才计划”入选者 2名。
实验室近年来在国家自然科学基金委、中国科学院、科技部等各部门的关心和大力支持下，在分子识别与功能研究领域取得了一系列创新性成果。自2010年以来，实验室累计发表SCI论文548篇，包括在J. Am. Chem. Soc., Angew. Chem. Int. Ed., Chem. Rev.等国际化学顶级期刊发表论文72篇;授权专利50余项。这些研究成果受到国内外同行的广泛关注。自2010年以来，实验室培养毕业生共计163人，其中从事博士后研究工作41人，在高校/研究所就职55人，毕业生的培养质量得到国内外业界的广泛认可。
立足原创，面向前沿，精益求精，团结协作，是中国科学院分子识别与功能重点实验室不懈追求的目标和奋斗宗旨。我们将再接再厉，以高标准要求自己，力争把中国科学院分子识别与功能重点实验室建成为分子识别与功能研究领域中具有重要影响力的一流研究团队，同时成为优秀人才培养的重要基地，为提升我国在相关研究领域的国际地位作出更大贡献。热诚欢迎有志于相关研究的优秀青年学子加盟中国科学院分子识别与功能重点实验室，和我们一起努力，为实现上述目标而奋斗。
